Au début du XVIe siècle, l'empire inca s'étendait sur une vaste région, de l'actuelle Colombie jusqu'au Chili. Dirigé depuis Cuzco, cet empire était caractérisé par une centralisation forte, des réseaux routiers exceptionnels et une culture florissante. Cependant, l'arrivée des conquistadors espagnols allait bouleverser à jamais l'histoire du continent.
En 1526, Francisco Pizarro, un explorateur espagnol, débarque pour la première fois sur la côte péruvienne. Fasciné par les récits évoquant d'immenses richesses et des cités d'or, il rentre en Espagne pour obtenir l'autorisation officielle de la Couronne afin de conquérir ces terres. Lorsqu'il revient en 1532, accompagné d'une petite troupe d'à peine deux cents hommes équipés d'armes à feu et de chevaux, il trouve un empire profondément affaibli. En effet, les maladies européennes ont déjà décimé la population, et une guerre civile sanglante oppose deux demi-frères incas, Atahualpa et Huáscar, pour le contrôle du trône.
Le moment de leur arrivée coïncide avec la fin de ce conflit fratricide : Atahualpa sort victorieux. Mais peu après, en novembre 1532, il tombe dans l'embuscade tendue par Pizarro sur la place de Cajamarca. Capturé, l'Inca tente d'acheter sa liberté en offrant une rançon légendaire en or et en argent. Malgré le paiement de ce trésor faramineux, Atahualpa est jugé de manière expéditive et exécuté en 1533, marquant ainsi la fin politique de l'empire inca et le véritable point de départ de la domination coloniale espagnole.
Afin d'établir un centre de commandement stratégique tourné vers la mer, Pizarro fonde la "Cité des Rois" en 1535, qui prendra rapidement le nom de Lima. Cette ville devient la capitale incontestée de la vice-royauté du Pérou. Elle s'impose comme le cœur politique et économique du pouvoir espagnol en Amérique du Sud, abritant les principales institutions administratives, religieuses et commerciales de la colonie.
À son apogée, la vice-royauté du Pérou englobe la quasi-totalité des territoires espagnols d'Amérique du Sud. Grâce à son port voisin, Callao, Lima se transforme en un centre névralgique du commerce maritime transatlantique. C'est depuis ce port que les galions lourdement chargés d'or, d'argent et d'autres richesses naturelles du continent mettent le cap vers l'Espagne. Parallèlement, Lima devient un centre religieux majeur, voyant l'érection de somptueux monastères et d'églises, tandis que les missions catholiques s'étendent dans tout le territoire dans le but de convertir massivement les populations autochtones.
Les colons espagnols instaurent rapidement un modèle économique fondé presque exclusivement sur l'exploitation intensive des ressources naturelles péruviennes. Le fer de lance de cette économie devient vite l'extraction minière, et en particulier les célèbres mines d'argent de Potosí (situées dans l'actuelle Bolivie), qui deviennent l'une des principales sources de richesse de tout l'empire espagnol.
Pour faire fonctionner ces mines, l'exploitation repose sur l'utilisation forcée de la main-d'œuvre indigène. Le système de l'encomienda est mis en place : la Couronne distribue de vastes terres et des travailleurs indigènes aux colons. En théorie, en échange de ce travail, les colons doivent "protéger" et catéchiser les autochtones, mais dans les faits, ce système légalise des conditions de travail inhumaines, souvent proches de l'esclavage.
Outre l'extraction des métaux précieux, le Pérou se développe en tant qu'important pôle agricole. Sur la côte et dans les vallées, les colons fondent de grandes propriétés agricoles appelées haciendas, où l'on cultive la canne à sucre, le cacao et le maïs. Ces immenses plantations sont le théâtre d'une exploitation intensive des travailleurs autochtones, bientôt remplacés sur la côte par des milliers d'Africains amenés au Pérou comme esclaves.
La domination coloniale espagnole ne s'installe pas sans une farouche résistance. Dès le début de la colonisation, les Incas tentent de reconquérir leurs terres. Manco Inca, d'abord placé sur le trône comme dirigeant fantoche par les Espagnols, organise une grande rébellion en 1536. Forcé de se retirer, il se retranche dans la région inaccessible de Vilcabamba, d'où il mène une guérilla inlassable contre les colons pendant près de quarante ans. Cette résistance héroïque s'éteint définitivement en 1572 avec la capture et l'exécution de son dernier successeur, Túpac Amaru.
Cependant, l'esprit de rébellion perdure. L'époque coloniale est marquée par de nombreux soulèvements locaux, dont le plus célèbre éclate en 1780. Túpac Amaru II, un descendant des derniers empereurs incas, prend la tête d'un soulèvement majeur pour protester contre les abus insoutenables commis par les autorités espagnoles à l'encontre de son peuple. Bien que son mouvement soit brutalement réprimé, il demeure à jamais une figure emblématique de la lutte pour la dignité et les droits des peuples indigènes.
Au cours du XVIIIe siècle, la couronne espagnole, désormais sous la dynastie des Bourbons, cherche à réorganiser l'administration coloniale. L'objectif de ces "réformes bourboniennes" est d'augmenter l'efficacité du contrôle métropolitain, de centraliser le pouvoir et d'accroître les revenus fiscaux de la Couronne en instaurant de nouvelles taxes. Ces mesures sont extrêmement mal accueillies au Pérou et attisent les tensions entre la Couronne, les populations indigènes, et les colons espagnols.
Parallèlement, la fin du siècle est marquée par la diffusion des idées des Lumières. Les succès éclatants des révolutions en Amérique du Nord et en France commencent à inspirer de nouvelles idées d'émancipation politique. Alors que la situation économique coloniale se détériore au début du XIXe siècle, de grands leaders tels que José de San Martín et Simón Bolívar émergent avec l'ambition ferme de libérer le Pérou de l'étreinte espagnole.
La marche vers la liberté s'accélère en 1820, lorsque l'armée de José de San Martín débarque sur les côtes péruviennes. Menant une brillante campagne, il fait son entrée à Lima en 1821 et y proclame officiellement l'indépendance du Pérou. Toutefois, cette déclaration ne met pas fin à la guerre, car les forces espagnoles se replient dans les Andes et continuent de contrôler d'importantes régions du pays.
Ce n'est qu'en 1824, à l'issue de la célèbre bataille d'Ayacucho et grâce à l'intervention de Simón Bolívar, que l'indépendance péruvienne est définitivement et militairement acquise. Cette victoire historique marque la fin totale du contrôle espagnol sur toute l'Amérique du Sud. Débarrassé du joug colonial, le Pérou entre dans une nouvelle ère, marquée par des luttes politiques internes et une longue quête de stabilisation.